به کارگيري روش هاي خوشه بندي در ريزآرايه DNA
 

- +
عنوان
ایمیل  
 

مدیر سایت ارسال کننده
علوي مجد حميد*,واحدي محسن,محرابي يداله,نقوي بهار نویسنده / نويسندگان
مترجم
کلید واژه
سابقه و هدف: به کارگيري فناوري ريزآرايه DNA كه امكان بررسي بيان هزاران ژن را به طور هم زمان در حداقل زمان ممكن مي سازد، در سال هاي اخير موجب توليد حجم انبوهي از داده هاي بيان ژني شده است. تحليل آماري اين داده ها شامل مواردي چون نرمال سازي، خوشه بندي، طبقه بندي است. هدف اين مقاله بررسي نحوه به کارگيري روش هاي آماري خوشه بندي در داده هاي ريز آرايه DNA است. روش بررسي: در اين تحقيق داده هاي سرطان پستان وانت ور و همکاران (2002) مربوط به جهش هاي ژنتيکي BRCA1 و BRCA2، تحليل شده است. مجموعه داده ها شامل 18بيمار با جهش BRCA1 و 2 بيمار با جهش BRCA2 است. داده هاي بيان ژني سرطان پستان با استفاده از روش هاي آماري سلسله مراتبي و غير سلسله مراتبي خوشه بندي گرديد. در هر دو روش خوشه بندي، داده ها به دو خوشه تقسيم شدند. روش هاي مختلف خوشه بندي با توجه به گروه بندي واقعي (BRCA1، BRCA2) مقايسه شدند. نرم افزار R براي تحليل داده ها استفاده شد. يافته ها: ويژگي روش خوشه بندي سلسله مراتبي در تشخيص ژن BRCA1، 94 درصد و حساسيت آن 100 درصد بدست آمد. ويژگي روش خوشه بندي غير سلسله مراتبي در تشخيص ژن BRCA1، 89 درصد و حساسيت آن 100 درصد بدست آمد كه نشان دهنده عملكرد مناسب دو روش خوشه بندي است. روش خوشه بندي سلسله مراتبي بر اساس ادغام بر حسب ميانگين مناسب ترين روش در بين همه روش هاي بررسي شده است. نمونه شماره 95 طبق نتايج همگي روش هاي خوشه بندي در گروه BRCA2 قرار گرفت در صورتي که بر اساس يافته هاي باليني در گروهBRCA1 قرار دارد. نتيجه گيري: با توجه به انطباق قابل توجه نتايج خوشه بندي با گروه بندي واقعي داده ها، مي توان از اين روش هاي آماري در مواردي که اطلاع دقيقي از گروه بندي واقعي داده ها در دست نيست، استفاده کرد. به علاوه نتايج خوشه بندي ممکن است زير گروه هايي از نمونه ها را به نحوي متمايز کند که براي انطباق آن با يافته هاي باليني، پژوهش هاي آزمايشگاهي يا باليني جديدي لازم باشد. چکیده
، دانشگاه علوم پزشكي شهيد بهشتي، گروه آمار زيستي دانشکده پيراپزشکي - ارسالی از طرف کاربر ahad منابع
. .
 

 
به کارگيري روش هاي خوشه بندي در ريزآرايهDNA 

سابقه و هدف:
به کارگيري فناوري ريزآرايه DNA كه امكان بررسي بيان هزاران ژن را به طور هم زمان در حداقل زمان ممكن مي سازد، در سال هاي اخير موجب توليد حجم انبوهي از داده هاي بيان ژني شده است. تحليل آماري اين داده ها شامل مواردي چون نرمال سازي، خوشه بندي، طبقه بندي است. هدف اين مقاله بررسي نحوه به کارگيري روش هاي آماري خوشه بندي در داده هاي ريز آرايه DNA است.

روش بررسي:
در اين تحقيق داده هاي سرطان پستان وانت ور و همکاران (2002) مربوط به جهش هاي ژنتيکي BRCA1 و BRCA2، تحليل شده است. مجموعه داده ها شامل 18بيمار با جهش BRCA1 و 2 بيمار با جهش BRCA2 است. داده هاي بيان ژني سرطان پستان با استفاده از روش هاي آماري سلسله مراتبي و غير سلسله مراتبي خوشه بندي گرديد. در هر دو روش خوشه بندي، داده ها به دو خوشه تقسيم شدند. روش هاي مختلف خوشه بندي با توجه به گروه بندي واقعي (BRCA1، BRCA2) مقايسه شدند. نرم افزار R براي تحليل داده ها استفاده شد.

يافته ها:
ويژگي روش خوشه بندي سلسله مراتبي در تشخيص ژن BRCA1، 94 درصد و حساسيت آن 100 درصد بدست آمد. ويژگي روش خوشه بندي غير سلسله مراتبي در تشخيص ژن BRCA1، 89 درصد و حساسيت آن 100 درصد بدست آمد كه نشان دهنده عملكرد مناسب دو روش خوشه بندي است. روش خوشه بندي سلسله مراتبي بر اساس ادغام بر حسب ميانگين مناسب ترين روش در بين همه روش هاي بررسي شده است. نمونه شماره 95 طبق نتايج همگي روش هاي خوشه بندي در گروه BRCA2 قرار گرفت در صورتي که بر اساس يافته هاي باليني در گروهBRCA1 قرار دارد.

نتيجه گيري:
 با توجه به انطباق قابل توجه نتايج خوشه بندي با گروه بندي واقعي داده ها، مي توان از اين روش هاي آماري در مواردي که اطلاع دقيقي از گروه بندي واقعي داده ها در دست نيست، استفاده کرد. به علاوه نتايج خوشه بندي ممکن است زير گروه هايي از نمونه ها را به نحوي متمايز کند که براي انطباق آن با يافته هاي باليني، پژوهش هاي آزمايشگاهي يا باليني جديدي لازم باشد.




نام کاربری :
نام رمز :
 

میکروبیولوژی (میکروب شناسی)

ایمونولوژی (ایمنی شناسی)

کنترل کیفی

هماتولوژی (خون شناسی)

بیوشیمی

بانک خون

پاتولوژی (آسیب شناسی)

مایعات بدن

ژنتیک

بیوتکنولوژی (زیست فن آوری)

نانوتکنولوژی

سم شناسی

تومور مارکر

آندرولوژی

بیولوژی سلولی و مولکولی

کلیه حقوق معنوی و مادی این سایت برای شرکت تحقیقاتی تولیدی فارمد آوران سبز محفوظ است 2017®

اینترلوکین, Laboratory, میکروسکوپ, کنژوگاسیون, باسیلی, تغییرات بیولوژیکی , اتولیتیکی, حکیم سیّد اسماعیل جرجانی, ارگانیک, پرتودرمانی, ویتامین, ازون, آنتی بادی های بلوکان, zaliw, استرپتوکوک‌های, پرستاری, استافیلوکوکوس, هتروزیگوت, متخصصان علوم آزمایشگاهی, سنسور, موتاسیونها, سروتونین, هرپس, باکتری E.coli, گلبول, ژن DARPP-32, پره, پلی‌سیتمی, فیکس, سرفه‌های شدید, پروکاریوت, كروي, Pneumocystis, باکتری‌کش, كارآزمايي, بيليروبين, آپاتیت, Competent, دترژنتهای, Neutrophil, quinqueradiata, مورفولوژیکی, دﯾﻔﺘﺮي, هماتولوژی, الکتروآنسافلوگرام, CLIA, ویروس, سورفکتانت, کالچرها, تسکین گلودردهای ویروسی, لنفوپروليفراتيو, بتاکاروتن, چرا پروتئوس سوارمینگ دارد, Teluk, متخصص تغذیه, بیماری های پوستی, محافظت, انجمن دکترای علوم آزمایشگاهی تشخیص پزشکی ایران, فلاژلي, RNA, ويروس‌ها, مادران, سمپلر, بیجرینگ, کورتیزول, هماگلوتیناسیون, میتوکندریایی, آمفتامین, سولفورافن, عفونت سايتومگالوويروس,